银杏种仁特别是胚和子叶中含少量银杏酸、银杏酚和银杏醇等有毒物质，生食或熟食过量会引起中毒。中毒因人而异，中毒症状轻者表现为全身不适、嗜睡，中毒重者表现为呕吐、抽筋、嘴唇青紫、恶心、呼吸困难等。中毒轻者喝浓茶或咖啡，卧床休息可康复，重者应送医院救治。为安全食用银杏仁，应去掉胚和子叶，先用清水煮沸，倒去水和内种皮后，再加水煮熟或用于烹饪。此外，已发芽的银杏种仁不能食用，食银杏种仁时切忌同时吃鱼。