银杏病虫害目前报道较多的主要是银杏大蚕蛾、樟蚕，其他病虫害发生较少。银杏大蚕蛾在巴东发生面积较广，危害多种阔叶树种，目前对银杏危害不十分严重，但必须加强对银杏大蚕蛾的防治，控制其蔓延，以免对银杏形成威胁。
大蚕蛾：食叶害虫，1年1代，以卵越冬，4月下旬至5月上旬幼虫孵化，6月上旬至7月中旬结茧化蛹，8月中旬至10月上旬成虫羽化。幼虫期大量蚕食阔叶树叶，整株树叶能在短期内被蚕食尽直至死亡。对树木危害严重。防治方法：①农药防治，在5月下旬至6月上旬喷洒90%敌百虫原药，50%敌敌畏乳油或马拉硫磷乳油1000倍液，毒杀幼虫；喷射2.5%敌杀死3000～5000倍液或青虫菌6号，浓度1：500或1：250倍液剂。②人工防治：6～7月间摘茧蛹烧毁；5～6龄幼虫在中午炎热下树时，在树基部捕杀；11月至次年4月搜刮卵块烧毁。
银杏苗圃病害主要有根腐病、茎腐病、叶枯病。虫害主要是地老虎、金龟子等。
1.根腐病
一般在6月份发生，病原菌为镰刀菌。病菌从根部侵入，使根部腐烂脱皮，木质部呈黑褐色，叶片逐渐萎蔫、干枯。排水不良、苗木过密的阴湿圃地发生率较高。其防治方法是：①及时拔掉病株烧毁；②发病期用70%托布津1000倍液喷雾；③及时排除积水，搞好间苗。
2.茎腐病
有两种情况：①幼苗出土后苗木木质化程度低，病菌易侵入苗茎，尤其在无遮阴措施，不能及时浇水降低地表温度的情况下，更易感染。病菌侵入苗茎后，产生褐色斑点，病斑逐渐扩大，引起茎部腐烂，呈猝倒状。一般发生在6月上旬。其防治方法一是及时浇水；二是连喷3次800倍多菌灵进行防治。②7月份左右，连续降雨和持续高温，使苗木茎部灼伤，苗木茎部变褐色，内皮层组织腐烂，逐渐扩展致根部，叶片逐渐死亡下垂。低洼易积水的苗圃地较易发生。其防治方法一是高温天气要搭阴棚在苗木行间覆草降低土壤温度，有条件的及时灌溉。阴雨天要注意排水，二是发病期间喷1%硫酸亚铁溶液，控制蔓延，三是防止人为碰伤苗木。
3.叶枯病
病害初期叶先端变黄，黄色部位逐渐变褐坏死，逐步扩展为整个叶片变为褐色脱落。一般苗木生长过密、通风不良的苗圃地发生较严重。其防治方法是：发病时喷多菌灵800倍液。
4.虫害防治
①土壤消毒。对钙质土壤每667㎡用过筛的农用硫酸亚铁细粉15㎏或喷洒多菌灵和2.5%的敌百虫粉2.5～3㎏。对非钙质土用过筛的熟石炭粉15～20㎏进行消毒；
②堆青草拌敌敌畏等药液诱杀害虫。