银杏树是我国一种特有的裸子植物，早已在我国山林中生长，但人们认识它，并给它起了名称，则是在宋朝，那时人们称其为“鸭脚子，（”见于《日用本草》，宋建年）该书云“：叶似鸭脚，因以为名。”宋朝元三年，梅尧臣有诗《鸭脚子》一首“：高林似吴鸭，满树蹼铺铺，结子繁黄李，炮仁莹翠林，神农本草阕，夏禹贡书无，遂压葡萄贵，秋来偏上都。”说明银杏在夏禹时的《贡书》和汉朝的《神农本草经》中均无记载。到了宋朝，银杏作为贡品纳进，因为它的种子形似杏，而核色白，皇帝才赐名为银杏。宋朝杨万里有银杏诗一首“深灰浅火略相遭，小苦微甘韵最高，未必鸭头如鸭脚，不妨银杏伴金桃。”到了明朝因用其去了肉质外皮的种子做药用，故李时珍在《本草纲目》一书中，又称其为“白果”。到了民国初期，又有人称其为“公孙树”，这是因为银杏实生树结实较晚，大约需要几十年，有“公植树而孙得实”的说法，故得其名。
此外，在古代的文献中，银杏又称灵眼、白眼、佛指甲、佛指柑，都是根据去了外种皮的种子而言。还根据叶子的形状，称其为鸭掌、蒲扇、飞蛾等名称。银杏树从明代开始，大量在寺院栽植，因此又称其为圣树，白果称为圣果。
银杏是我国特有的多用途的孑遗植物，它在地球上已存在了亿多年，在前地质时期中生代三叠纪到侏罗纪生长最为茂盛，曾经是北半球森林的主要树种。第四纪冰川来临时，北半球大部分地区的银杏都已绝灭，只有我国的银杏幸免于难，历尽沧桑，保存了下来，成为举世闻名的“活化石”，有植物界的“大熊猫”之称。而在欧洲、北美洲及亚洲其他地区都已绝灭，人们只能从地层中发掘的银杏化石，证明在历史上曾在那些地区出现过。目前世界各国栽培的银杏都是直接或间接从我国引种栽培的。
大约在明代日本把银杏引种到该国，称其为“金杏子”。由于银杏树干保水能力强，而且树皮坚韧，即使遭到雷击火烧，仍然能很好恢复生长，有很强的防火能力，因此称其为防火树。又由于在深秋时节，银杏叶片开始枯黄凋落，预示着冬季就要到来，故又有知雪树的美称。
欧洲最先引种银杏的是荷兰，1690年东印度公司的凯普菲，随船到了日本，首次见到这陌生而又美丽的树木，非常高兴，回国后写了一本题为《可爱的外来植物》的小册子，并附有银杏枝叶和种子的形态图。
1730年第一株银杏树苗，从日本引种到荷兰的乌特列支大学植物园，目前这株树龄已有270余年的
银杏树，仍然健壮生长。在英、美等国，银杏树又称少女头发树，这是因为到了深秋季节，银杏叶片变成金黄色，其叶脉酷似西方少女头发的缘故。在美国银杏还有一个雅致的名称，叫“千扇树”，这是因为银杏的叶片像一把小扇子，当轻风吹过时，整个树上宛如千万个扇子在摇动，给人一种美的遐想。在英国因其优美的树形和扇形的叶片，又称其为孔雀树。