银杏树扦插基质是决定生根时间、生根率及根系数量、质量的重要因素。纯河沙基质插后15天生根，生根率达100％，而土壤基质生根时间25天以上，生根率也低。
常用的扦插基质有细河沙、炉渣灰、石、珍珠岩、沙壤土、沙土等。沙、沙壤土适于大面积春插而不适于嫩枝扦插，石、珍珠岩生根率高，成本也很高，适于嫩枝扦插。炉渣灰(颗粒直径为0.5-1mm)、河沙生根率也高，材料易得，被广泛应用于硬、嫩枝扦插。不论何种基质，扦插前一定要用水冲洗干净(沙土、沙壤土)，并再用药剂消毒。不要图省事，育苗前把工作做仔细了，这样才能培育出健壮的银杏树苗。