银杏苗管理的如何直接影响到苗木的产量、质量与经济效益的大小。所以，加强管理十分重要，苗龄不同，其管理的内容与侧重点也不相同。
一、1年生播种苗的管理
1、浇水。种子播下后，未出土前，必须密切注视圃地的墒情。如土壤干燥，可在清晨或傍晚喷水造墒，但切忌灌大水。待幼苗长出3-4片真叶时，尚可适当浇水。我国各地春季多干旱，应及时浇水。特别是进入五六月份苗木速生期，务必保持土壤呈潮湿状态，含水量不低于75%。每次浇水后都要接着中耕、除草，晒3-5天，再次浇水和中耕。如此反复，不可松懈。另外，进入汛期要注意排水，圃地决不可有连续数天的积水，最怕圃地积水又遇天晴气温高。
2、追肥。肥料是苗木的粮食。谚曰“庄稼一枝花，全靠肥当家。”追肥本着次多量少、先少后多的原则"。施用氮肥抓一“早 ”字。银杏苗木进入速生期前10天施下。具体时间、数量完全按照育壮苗的要求进行。肥料深施利用率高，故要开沟入土，离开苗木5 厘米。有的地方将尿素或腐熟的豆饼溶于水，于浇水时浇入畦中。另外，为促使银杏苗木加快生长，还可在速生期喷洒3%-5%的尿素或磷酸二氢钾。近年来，市售有多种喷洒的植物生长调节剂如叶面宝、植物动力2003 、爱丰收等，均有促进叶子生长的功能，可按照其说明书，适时、适量、适气候喷用。不过，首次使用者，最好先做小面积的试验，无不良反应后再全面推广应用。
3、遮荫。多年来，银杏育苗经验表明，幼苗夏季适度遮荫有利于苗木的生长发育。其遮荫时间、方法与程度，参照本章第五节。
4、中耕除草。中耕松土，保持土壤疏松，有利于抗旱、防涝。在某种意义上说次数越多越好。杂草是苗的大敌，它与苗木争光、争水、争肥，草害往往甚于虫害和病害。除草要拔早、拔小和连根拔。中耕除草要谨慎作业，切勿碰伤茎皮层，否则，病菌侵入易染病死苗。
5、防治病虫害。小苗易遭茎腐病、立枯病、金针虫、蛴螬等病虫害的危害，必须及时予以防治。其防治方法参见银杏病虫防治指南。
6、越冬防冻。黄淮海流域及其以南广大地区的银杏苗能安全越冬。但在长城沿线及其以北地区，应采取防冻措施，如灌足越冬水、根茎培土覆草、设防寒障等。否则，苗茎、根系都可能遭致冻害，造成损失。
生产中，及时拆除大棚、小弓棚，破除地膜都是银杏苗木管理的重要内容。另外，春季畦面覆草、撒草木灰以提高地温等也都是苗木管理的成功经验，可因地制宜地推广应用。
二、2年生及多年生苗的管理
2年生及多年生苗比当年生苗抗性强，管理容易。但为了多产苗、产壮苗，其管理亦不可等闲视之。因为苗龄越大，对肥水的要求量越大。因此，要特别注重加大浇水、施肥的数量和次数。为增加叶子的产量更需要有足够的肥与水。至于中耕除草、防治病年生苗木的管理进行。虫害等可参照1年生苗木的管理进行。2年生苗木开始抽生侧枝，随着树龄的增长，侧枝越来越多。为促其高粗生长，可有计划地疏除双头枝、过旺的侧枝。
门秀元(1983)对银杏生物学特性研究表明：1-3年生银杏苗木生长慢，从第4年开始加速生长。根据这种规律，实施对银杏树苗木技术管理，提供了可靠的理论与实践。